云南医药健康职业学院马克思主义学院是2022年3月在原思想政治理论课教学部（思政部）基础上更名成立的，承担着全校学生的思想政治理论课教学和相关科研任务的校属学院。目前下设4个教研室，分别为习近平新时代中国特色社会主义思想概论教研室、思想道德与法治教研室、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论教研室、形势与政策教研室，开设课程有：思想道德与法治、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论、形势与政策、中共党史课程，以及五年制大专班的思政类课程。

        截止2024年4月，马克思主义学院有专职思政课教师42人，其中教授1人，副教授 3人，讲师7人；有博士学位1人，硕士学位34人；30岁以下15人，30－40 岁17人，40－50岁9人，50岁以上1人。学院还在招聘熟悉马克思主义学院教学和学科建设，长期从事马克思主义理论教学、科研工作，有丰富的研究经验和成果，乐于奉献，指导年轻教师成长的银龄教师和退休专家。

        马克思主义学院成立以来，学校重视并给予了教学条件和经费、政策、人才引进等方面更多的支持，学院规范化管理、科研教改、课程建设、制度建设等方面均迈出新的步伐。